PPAPの問題点は、セキュリティの脆弱性や、受信者の負担増などが挙げられます。
暗号付きZIPファイルを盗める攻撃者はパスワードも盗め、暗号付きZIPファイルがやりとりされている状況を利用して、これを装ったマルウェアをしかけてきたりします。また、暗号付きZIPファイルは、ウイルス検知を行うことが出来ない場合が多くあります。さらに、暗号化、復号プロセスでユーザには余計な手間もかかっています。
最近では、ストレージ利用でPPAP対策とするケースも出てきていますが、現実的には、受信者の企業ポリシーによって、許可されていないWebサイトへのアクセスができない場合もあります。そのため、送信先に合わせてストレージ経由で送るか、平文で送るか、が選べるなど、添付ファイルの送信方法にもバリエーションが必要です。